कृषी, पशुसंवर्धन, दुग्ध व्यवसाय विकास आणि मत्स्यव्यवसाय विभाग हा या विभागाच्या प्रशासकीय विभाग आहे. राज्याच्या पशुसंवर्धन, दुग्ध व्यवसाय विकास आणि मत्स्यव्यवसाय (पदुम) विभागाचे प्रमुख मा. मंत्री महोदय, पशुसंवर्धन, दुग्ध व्यवसाय विकास आणि मत्स्यव्यवसाय (पदुम) हे असुन त्यांना मा. राज्यमंत्री महोदय सहाय्य करतात. विभागाच्या प्रशासकीय यंत्रणेची धुरा मा. सचिव, पशुसंवर्धन, दुग्ध व्यवसाय विकास आणि मत्स्यव्यवसाय (पदुम) हे सांभाळतात. क्षेत्रीय स्तरावर मा. आयुक्त मत्स्यव्यवसाय हे विभाग प्रमुख आहेत.

या प्रशासकीय संरचने अंतर्गत मा. आयुक्त मत्स्यव्यवसाय, महाराष्ट्र राज्य यांचे कार्यालय मुंबई स्थित आहे. मा. आयुक्त यांना आयुक्तस्तरावर तीन सहआयुक्त मत्स्यव्यवसाय, तीन उपायुक्त मत्स्य व्यवसाय, एक कार्यकारी अभियंता आणि एक उपनिबंधक सहकारी संस्था(मत्स्य) हे सहाय्य करत असून सात प्रादेशिकस्तरावर प्रादेशिक उपायुक्त मत्स्यव्यवसाय सहाय्य करतात.

सहाय्यक आयुक्त मत्स्यव्यवसाय हे जिल्हा प्रमुख असतात. विभागात राजपत्रित अधिकारी आणि अराजपत्रित कर्मचारी असे एकूण १०५० कर्मचारी कार्यरत आहेत.

आयुक्तालयापासून जिल्हाकार्यालयापर्यंतची रचनात्मक व्यवस्था संघटना तक्याच्या स्वरुपात दर्शविली आहे.

विभागाच्या कार्याशी पूरक संस्था –

• महाराष्ट्र मत्स्योद्योग विकास महामंडळ, मुंबई.
• तारापोरवाला सागरी जीव संशोधन केंद्र, मुंबई.
• मत्स्यव्यवसाय महाविद्यालय, कोकणकृषी विघापीठ, रत्नागिरी.
• महाराष्ट्र पशु आणि मत्स्यव्यवसाय विज्ञान विघापीठ, नागपूर.